היום ברור לנו שהירח חסר חיים לחלוטין, אבל זאת חוכמה בדיעבד – ידע שרכשנו מניתוח דוגמיות הירח שהביאו עימם האסטרונאוטים של משימות אפולו 11–17, ולא נמצאה בהם כל עדות לחומרים אורגניים בסלעי הירח בעבר או בהווה.
ב-1969, לעומת זאת, האפשרות שיש חיים על הירח עדיין עמדה על סדר היום של הקהילה המדעית. משימות מאוישות ורובוטיות קודמות לירח הראו בבירור שעל הירח אין ציוויליזציה מפותחת כפי שחשבו במאה ה-19, אבל מה לגבי חיידקים או וירוסים? בנאס"א חששו מאוד מזיהום ביולוגי של כדור הארץ בנגיפים או חיידקים ירחיים.
לכן, הצוללנים שחילצו את ארמסטרונג, אולדרין וקולינס מלב ים לא מיד הושיטו להם יד – הם הושיטו להם לפני הכול חליפות בידוד ביולוגיות. תא הפיקוד קולומביה נשטף בחומר חיטוי (פולידין), והאסטרונאוטים עצמם נשטפו בנתרן תת-כלורי, המשמש לחיטוי. רק אז הועלו האסטרונאוטים למסוקים, ואלה נשאו אותם לספינת החילוץ הורנט.
9-President_Nixon_welcomes_the_Apollo_11_astronauts_aboard_the_U.S.S._Hornet.jpg
אבל גם על ההורנט לא הסתיים מסעם של האסטרונאוטים. חברי צוות אפולו 11 נשלחו לבידוד של 21 יום, תחילה במתקן נייד מיוחד שחיכה להם על סיפון ההורנט והוטס לאחר מכן – ובתוכו האסטרונאוטים – למרכז החלל ביוסטון. לחץ האוויר בתוך המתקן היה נמוך מלחץ האוויר בחוץ, ועל כן חיידקים שבתוכו לא יכלו לצאת ממנו ולהתפשט בחוץ. במתקן היו יחידות מגורים לאסטרונאוטים וציוד תקשורת ששימש את אותם לקשר עם משפחותיהם, עם עיתונאים ועם נשיא ארצות הברית ריצ'רד ניקסון, שבא לביקור. אגב, ארמסטרונג, אולדרין וקולינס לא היו לבד בבידוד: את המתקן הם חלקו עם רופא צמוד ועם מהנדס, שתפקידו היה לפקח על המתקן. במתקן הקבוע ביוסטון שהה צוות רפואי, טבחים ואנשי שירות שונים – כולם התנדבו להיחשף לסכנת הדבקה. כולם גם חגגו לארמסטרונג את יום הולדתו, שחל במהלך השהייה בבידוד.
גם צוות אפולו 12 נשלח לבידוד אחרי מסעו לירח. צוות אפולו 13 לא נשלח לבידוד, שכן מעולם לא הגיע לירח, בשל תקלה שאירעה בזמן המשימה. צוות אפולו 14 היה האחרון שנשלח לבידוד, שכן לאחר מכן הובהר די הצורך שאין חיים בדוגמיות הירח.